Google Chrome 4（グーグル・クロム）のブックマーク同期を有効にすると、まずログインするように小さなウィンドウが表示され、ログインを行うと下（↓）のような画面に切り替わります。

これが曲者でした。

ウィンドウの見えない下の方に実はボタンが存在します。

そのため、ウィンドウの大きさを変えて表示できるように変更してみてください。

これで解決です。結構同じ悩みをいだいている人がいて安心しましたw

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Google Chrome 4 ブックマーク同期できない